20世纪初，西方考古学的引入对中国考古学产生了深远的影响。英国著名考古学家科林·伦福儒等专家深入探讨了考古学研究中理论、方法和材料三者之间的相对重要性。他们强调，考古材料的意义和价值，在很大程度上取决于我们想要解决的具体问题，而研究方法的选择和开发，则需紧密围绕研究目的和手头材料进行。这一观点为当代高水平的考古研究提供了重要的理论指导，即理论预设性引导和问题科学性设计至关重要。
考古学，本质上是一门研究古代未知文明遗存的学科。这些物质遗存，如工具、器物、建筑等，不仅反映了古代先民的生活方式、生产技术和经济状况，还为我们追溯它们的历时发展提供了宝贵的线索。然而，由于证据的物质性特点，考古学家在解读这些遗存时，往往只能作出一般性的推断。加之这些证据常常残缺不全或碎片化，因此，不断优化考古学的理论和方法，以提炼出更多有价值的信息，成为科学解释这些无言物质材料的关键。
尽管考古学无法提供与文献资料完全相同的信息，但它在探究人地关系和社会变迁的历史背景上，却有着得天独厚的优势。在中国当下的上古史重建中，考古学凭借其材料的特点和理论、方法的创新，不断探索这门学科最擅长的领域，并在多个专题研究方面取得了显著进展。例如，测年技术的发展使得考古学能够更加精确地观察文化变迁；环境考古学则帮助考古学家深入了解生态变迁和人地关系，以及复杂社会兴衰的经济基础；人工制品的研究则揭示了各种器物的生产方式、专业化程度以及制造、使用与分配情况；而分子人类学则提供了基因流动、古代人群的血缘关系和社会结构等方面的宝贵信息。
这些信息的提炼，使得考古学已经基本上能够独立重建史前期和上古时期社会文化发展的历史过程。如果再加上文献证据的辅助，那么这种历史重建将变得更加清晰和完整。近年来，中国学者不仅十分重视并引入了国外考古学的一些先进技术，还加强了多学科交叉的趋势，这为理论的预设与方法的完善提供了有力的支持。
对传说时代古史的考古学研究，离不开理论的引导和问题的设计。借鉴国外考古学的理论与技术，并结合中国实际，我们认为，由文化谱系、族属谱系和基因谱系相结合的“谱系法”理论，是研究中国古史较为可行的路径之一。
文化谱系，主要关注考古学文化的区系类型和演变传承；族属谱系，则是以血缘为基础形成的族属类型和演变传承；而基因谱系，则是通过分析当前人类的DNA序列，来推断祖先的DNA类型及其演变传承。这三种谱系在理论上存在相互对应的可能性，因为它们都反映了人类社会的不同层面和特征。
在文化谱系中，一定时期居住在特定自然环境里的人们，由于共同生活和密切交流，会形成共同习俗甚至语言。而在族属谱系中，血缘关系则是远古人类共同生活、形成社会的天然纽带。然而，随着社会复杂化程度的提高，血缘关系可能会受到削弱，但以血缘相维系的族属认同却不会消失，反而有可能在不同族群的碰撞刺激中得到加强。统治者还可能通过扩张、移民、封建等手段，将其族属认同和文化扩展到更广大的地域，从而形成早期国家的核心和主体区域。
甲骨文和传世文献记载的晚商王朝的王畿、四土、边疆方国，与殷墟文化中心区、亚文化区和文化影响区范围基本对应；金文和传世文献记载的西周王畿、封建诸侯国、边疆地区，也与西周文化中心区、诸侯文化区、文化影响区范围基本对应。这些事实充分证明了考古学文化和族属的对证研究在一定程度上是可靠可行的。
近年来，分子生物学的发展为推断祖先的DNA类型提供了科学依据。通过搞清楚个体之间的关系以及不同家族之间的遗传距离，我们可以建立晚商以前的基因谱系。将其与文化谱系、族属谱系相结合，必将取得古史研究的重大突破。然而，我们也必须清醒地认识到，基因谱系确定的只是相应人群的血缘关系，而非文化关系。因此，不能将基因谱系简单等同于族属谱系，就如同不能将文化谱系简单等同于族属谱系一样。
没有理论的引导和问题的设计，只是将某地的重要发现和传说轻易对应，或者无视考古年代和其他地区的同类传说；或者将某个基因溯源结果和传说时代某“祖先”轻易挂钩，无视这些“祖先”的族属、文化属性，都不是对传说时代古史的考古学探索应该提倡的做法。只有坚持科学的态度和方法，我们才能在考古学的道路上不断前行，揭示更多关于古代文明的奥秘。
